希罗菲卢斯是这个时代西方医学的执牛耳的人物，他自幼就对解剖学产生了浓厚的兴趣，并意识到研究人体的唯一方法就是对人体（尸体）进行解剖，因而他成为历史上第一个有记载的对人体进行系统解剖和研究的科学家。他对人体和动物进行了全面的解剖，也是第一个当众进行解剖表演的人。
希罗菲卢斯是解剖学的先驱者之一，他发现了小肠的起始段大约有12个指头并列长度，并将其命名为“十二指肠”。他对眼球的组成进行了研究，发现它由角膜、虹膜、视网膜和脉络膜组成，并命名了“乳糜管和淋巴”。此外，他对生殖系统进行了深入研究，描述和命名了卵巢、输卵管、子宫和前列腺。希罗菲卢斯在中世纪之前对生殖系统描述最为精确，被认为是该领域的杰出学者。
他还最早发现了血管，并通过检查搏动来区分了动脉和静脉。他推翻了希腊传统医学所认为的静脉内含有血液和空气的理论，但他并未完全理解动脉搏动和心跳之间的关系。他认为动脉是输送血液的管道，甚至认为放血可以治疗疾病。希罗菲卢斯使用水钟计数脉搏，发现脉搏的节奏因年龄、性别、疾病状态而异。这与中国传统医学的切脉有异曲同工之妙。他对比不同年龄人群的平均心率，推断病人心率偏离平均值的程度，从而判断病情的严重程度。这也许是医学史上最早将统计学应用于医学的尝试。
希罗菲卢斯的最重要贡献在于对神经系统的研究。他首次明确区分了神经、血管和肌腱。他认为大脑是神经系统的中枢，整个身体的神经网络可以追溯到大脑，神经传递神经冲动，并可分为感觉神经（接收感觉信号）和运动神经（传出运动信号）。神经对人体的支配至关重要，若失去神经支配就会导致瘫痪。
希罗菲卢斯认为，大脑是人类思想产生的部位，是身体行为的控制中心。他的这一发现与当时亚里士多德关于心脏是人类智慧和理性的源泉的观点相抵触。此外，他还发现了脑脊液，一种如清泉一般的清亮液体，以及容纳脑脊液的脑室。这为后来的“脑室定位学说”奠定了基础。而希罗菲卢斯则在脑内发现了颅内静脉的交汇点——窦汇，该交汇点至今仍以他的名字命名（torcularHerophilus）。
作为自希波克拉底之后西方世界的医学天花板（还有一个是他的徒弟埃拉西斯特拉图斯），亚历山大怎么可能放过他，肯定要收入麾下，他相信只要两人会面，一定可以让西方医学向前迈进一千年。
不到半个月，亚历山大就见到了希罗菲卢斯，他就像是见到了老朋友一样，激动地拉着希罗菲卢斯的手说道：“终于见到你了，来，我们坐着说。”
“不知陛下为何会点名招我前来啊？我甚是不解。”希罗菲卢斯一路都没想明白为什么突然之间会被马其顿国王招到培拉去，如果是因为自己的医术，那国王是怎么知道他的呢，现在又像老朋友一样招待自己，搞得自己有点懵逼。
“我将建立一家医学院，建立一个卫生部，我想让你担任医学院院长的同时兼任卫生部部长，然后按照我的一些思路制定一些政策。”
“什么？！”希罗菲卢斯彻底震惊了，他没想到他一个乡村医生居然会被任命为院长和部长，世界上还有比这更加不可思议的事情了么。
“我知道你虽年轻却特别有想法，对于亚里士多德的关于心脏是人类智慧和理性的源泉的观点你怎么看？”
“这——”希罗菲卢斯不知道亚历山大什么意思，有点不敢下口。
“不同意是吧，明明大脑是人类思想产生的部位，心脏只是承载和运输人体血液的器官而已，虽然是至关重要的内脏，但却产生不了任何思想。”
“？！”希罗菲卢斯再次懵逼。
“心脏就像一个泵，它的每一次跳动都是在通过心脏的收缩和舒张，将血液流通到全身各个部位，从而保证人体机能正常运转。”
希罗菲卢斯眼睛直直地盯着亚历山大，后者笑着嘴巴留出了一个弧度。
“人体是一个非常复杂的机体，从外表看，可分为头、颈、躯干、四肢几部分，身体表面是皮肤，皮肤下面是皮下组织、肌肉、骨骼等。骨骼和肌肉围成颅腔、胸腔和腹腔，胸和腹腔之间以横膈为界。胸腔里有心、肺；腹腔里有胃、肠、胰、脾、肾、膀胱等内脏。构成人体的以上种种部件，虽然形状和功用很不相同，但是，它们都是由细胞构成的。而细胞是人体结构和功能的基本单位，但细胞又是由无数个分子组成的，组成人体的生物分子包括水、无机盐、糖类、脂类、蛋白质、核酸、维生素及激素。分子之下还有原子，原子是组成这些分子的更新单位。人体的骨骼以骨组织为主体构成的器官，是在结缔组织或软骨基础上经过较长时间的发育过程（骨化）形成的。而组成人体的骨骼，成人骨共206块，依其存在部位可分为颅骨、躯干骨和四肢骨。颅骨是头部的支架，由23块形状不同的骨连接而成，容纳并保护脑、眼、耳、鼻及口等器官。容纳脑的部分叫脑颅，大致呈卵圆形，位居全颅的上后部，前下部为面颅，由眶腔、鼻腔和口腔为主所组成。耳位于颞骨内，外面仅见外耳门。脑颅和面颅可由眶上缘至外耳门上缘连线分界……”
希罗菲卢斯听着亚历山大侃侃而谈并没有发愣，而是拿起随身带着的纸莎草纸记录了起来。见亚历山大停了下来，就激动地说道：“看来您和我一样都是赞同德谟克利特的观点的啊！”
“当然，放眼整个希腊，从神话时代到古典时代，虽然知识渊博的人很多，但没有一个人能像德谟克利特这样在哲学、逻辑学、物理、数学、天文、动植物、医学、心理学、伦理学、教育学、修辞学、军事、艺术等方面都有所建树的，他还是一个出色的音乐家、画家、雕塑家和诗人。他的事迹充分说明了行万里的重要性，他的《宇宙大系统》为后人打开了探索世界的明灯。现在很多人都在争论他的原子论，虽然原子论里面有一些并不完善，但它的整个体系和大方向是正确的，只是在原子里面还有更小的东西未被发觉。”
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“您的博学恐怕不下于德谟克利特吧，您还有其他学问是我不知道的吗？”希罗菲卢斯对亚历山大的博学非常吃惊。
“多了去了，我有无数知识在我脑子里，我是受到诸神庇佑的，我知道很多世人所不了解的东西。但其实在浩瀚的知识海洋中，我们任何人都只是沧海一粟，穷尽一生也只是了解这个宇宙微不足道的一小部分。世人多是愚昧无知的，我把这么重要的位置交给你，就是希望你能秉持着希波克拉底的精神，驱散黑暗和迷信，给医学界带来光明。你有信心做好吗？”
“感谢陛下您的厚爱，本来我并没有什么信心，但有了陛下您指引方向，相信我一定能把事情做好的。”希罗菲卢斯激动地说道，并不是为获得的高位激动，而是亚历山大向他打开了一个崭新的世界大门，使得原来只是在门前窥伺的他得以登堂入室。”
亚历山大拿起手中的一份笔记交给希罗菲卢斯：“这是我记下的卫生部将展开的第一期的工作，就是一些最基础的卫生条例和进行基础医院的搭建。比如喝水都要喝烧开的水，受伤后所缠纱布必须要经过高温蒸煮晒干或者高浓度酒精喷洒后使用。”
“为何要这样做？”希罗菲卢斯疑惑道，最早发现微生物的是近2000年后的显微镜之父荷兰人安东尼菲利普斯·范列文虎克，真正通过实验证明细菌危害并发明“巴氏消毒法”的路易斯·巴斯德则是2200年以后的人。
“你看到过伤口溃烂和尸体腐烂吧？”
“自然见过，但和您说的又有说没关系呢？”
“尸体的腐烂正是由数不尽看不到的微生物或或者说是细菌的功劳。对尸体这样，对活人的伤口他们也能让其腐烂，平时那些受伤不治的士兵就是由于感染了这些细菌才发炎溃烂而死的，一般的小伤或许不会有事，但遇到断手断脚或者躯干到受到刀伤枪伤就危险了。这也就是我们需要用刀刮去腐肉的道理，而且刀必须用火烤一下，事实上我们的经验它们都有其科学依据，我们只有找到了科学的真谛，才能更好地运用其原理解决更多的问题。比如高浓度的酒精就是非常有效的消毒剂，以后所有的纱布、手术刀和伤口都需要用酒精来消毒，所有的医院都需要备好酒精。”
“陛下的一番话真的是振聋发聩，我受教了，不过这是对整个医疗体系的大改革了，需要采购很多的材料，需要更多的医生，不知道要花多少钱呢。”
“当然，我会提供2000塔兰特的资金支持，你可以尽情施展你的才华。另外，我会给你提供死尸甚至是死囚供你研究解剖学，这不仅是了解人体的构造所必须的，也是为了在人体出现疾病的时候能够以手术的方式解除病人的痛苦，如难产、肠痈、肿瘤等问题，如果对人体不了解就无法手术，无法手术就只能等死。特别是对难产和肠痈，手术解决并不是特别困难的事情，只需要有合适的麻醉药品和消毒水以及主刀人的丰富经验。我希望你能招募一批医生，不仅需要外科技术过硬的人，也需要对植物或动物药物制剂非常了解的人，可以去雅典、科林斯等地搜罗下这些人才。另外，我老师泰奥弗拉斯托斯是植物学家，你可以向他了解一些植物药性。一些好的药材的发现和应用能够把医学水平一次又一次地抬升。就比如蓍草（Achilleamillefoluim），众所周知，从希腊的神话时代开始，它的功能就已经被人类所掌握了，它的名字正是来源于特洛伊战争时期在的阿喀琉斯（阿基里斯），也就是我的祖先。当时的战场上士兵都会随身配戴蓍草，据说能够止血并帮助愈合，是非常简单实用的药用草药。它的叶子非常的细小如羽毛状一般，有些昆虫如苍蝇，蚂蚁，蚊子等非常讨厌欧蓍草的气味。它的花有黄有白，小朵小朵地汇集成一整株相当可爱美丽。还有牛至（oregano），在希腊神话中牛至馥郁芬芳的甘甜香味是由爱与美的女神维纳斯赋予的，这种香味会给人带来精神上的愉悦以及身体上的放松，于是希腊人会用这种植物做成香囊随身佩戴又或者会参加重大的礼仪前用牛至泡澡沐浴，使得全身可以散发出这种令人愉悦的气息。同时它又是一种顶级的疗愈香草，富含多种抗氧化和抗菌成分，所以它可以起到杀菌和抗病毒感染的作用。如果我们以牛至为原料制成精油，由于浓缩了其有效成分，治疗的效果会更加显著，直接在烹饪中加入牛至也能获得相应的健康效果。对了，它还可以用其治疗消化不良，呼吸不畅，以及细菌感染。类似的草药，这个世界上不知凡几，随便发现个几十种我们就受用无穷啦！所以，帝国医学的未来就要靠你了，但有些事情可以公开，有些事情不能公开你明白了吧？”
“陛下放心，我懂得。”
“反正在能证明解剖在治疗疾病方面拥有不可替代的作用前，出了任何事情，我都不会承认的，所以一切一定要注意，特别是对于那些医生和工作人员的思想工作一定不能忽视，签订保密协议，一定要让违法的成本高到他们无法接受。”