尼奥正在家里以黑客这个身份在网络上搜寻资料，他将所有的工作都完成了，剩下的只需要交给电脑与程序自动运行就可以了，因为等待的乏味，他戴着耳机趴在电脑桌上听着音乐睡着了，就像为读者打赏加更而通宵码字的某写手一样。
忽然他的耳机里音乐声停止了，转而是一个机械女声：“醒来，尼奥。”
这让半睡半朦胧之间的尼奥瞬间汗毛乍起，猛地坐了起来，摘下耳机环顾四周，却并没有发现自己的房间内多出个人之类恐怖的事情。
松了一口气的尼奥又瘫到了座椅上，却发现自己写的搜索软件页面不知何时变成了黑屏，上面写着“醒来，尼奥”。
“你是谁？”身为黑客的尼奥立即明白这是发生了什么，有人黑进了自己的电脑，对于自身电脑技术的自信，让他开始尝试着找出那个人是怎么做到的。
只是无论尼奥怎样敲击键盘，他的电脑显示页面依然没有发生改变，那劫持了他电脑的人的技术在他之上，除了物理断电之外，他没有别的应对方法。
“好了，你赢了，你想做什么！”尝试无果之后，尼奥躺在椅子上摊开双手，示意自己投降了，也不管对方是否能够听见自己的话。
“你在找我吗？”
显示器上出现这么一句话，停留了五秒之后页面又切换了，变成了一张张的新闻截图，那是关于无恶不作的墨菲斯又一次逃脱了警方的追捕的新闻。
为了掌握矩阵准备对现实世界的人类城市锡安进行怎样的行动，人类反抗军们必须对矩阵中存储着重要信息的地方进行突袭，以获取重要的情报，提前做出应对。
在矩阵世界，这些地方基本呈现为重要部门的办公大厦，入侵这些地方那就意味着动静不可能小，不可能不被其他人察觉到。
矩阵世界中可没有TLT下属的记忆警察（MP）这种特殊程序，能够大范围地消除人们的记忆，为了解释反抗军们的行为，不让人们对矩阵世界产生怀疑，这些事件通常会被掩饰为袭击，为首的墨菲斯被列为了头号通缉犯。
在多年之前某个午夜梦回，察觉到自己生活的世界有哪里不对劲却又说不上来之后，尼奥心里就像扎进了一根刺，然后他有一种直觉，墨菲斯能够告诉他这一切的原因是什么，在那之后，他便疯狂地搜索着关于墨菲斯等人的信息。
“你是墨菲斯？”
尼奥顿时来了精神，虽然没人看着，依然挺直了腰板地问到。
“我？并不是，但是我可以让你见到他，他可以替你解释你至今以来的关于这个时间的疑惑。”
尼奥嘴角带上一丝笑意，说到：“好，我需要怎么做才能够见到他？”
“咚咚咚（敲门的拟声词）”
“拟声词？”
尼奥对那个人的话不明所以，但是果然有敲门声响起：“什么人？”
“外卖！”问外传来了中气十足的回答。
“我定了外卖？还是你。”尼奥疑惑地问道，但他面前的电脑显示器上只有原本他写的那道程序的界面，那个人已经消失了。
起身开门，尼奥透过门缝看到外面果然是一个外卖员打扮的人，手里拎着一个鼓鼓囊囊的牛皮纸袋。
关门解开防盗链，尼奥打开了门，一边从兜里摸钱一边对着外卖员说到：“多少钱？”
“终于见到你了，尼奥。”
但是门外除了外卖员之外，还有三个穿着皮衣的男女，其中那个高大黑人尼奥一眼就认出他是谁，便是他一直追寻的墨菲斯。
伪装成外卖员骗开房门的岳斯一把揭掉自己用来伪装的衣服，笑着对尼奥说到：“你看，我是不是让你见到墨菲斯了？”
“是你？”尼奥打量着岳斯，却没有从他身上看到任何可以黑入他电脑的设备。
岳斯问道：“难道不欢迎我们吗？”
闻言，尼奥立即让开身子，让一行四人进入自己的房间。
“你是怎么做到的？”关上房门之后，尼奥不解地看着岳斯，他不理解岳斯是如何不借助任何设备入侵他的电脑的，包括他那揪掉一件衣服便能从头到脚换一套装扮的动作。
岳斯并没有回答尼奥的问题，解答他的疑惑，开口的是墨菲斯：“尼奥，你是否有这种感觉，你一直处于半睡半醒之间的朦胧状态，怀疑自己所生活的世界其实不过是一场梦境，但却无法靠自己的力量从这虚假的梦境中醒来，这种矛盾一直困扰着你……所以，你一直在寻找着我。”
“对。”尼奥看着墨菲斯，点着头回应到：“矩阵吗？我知道它，但是并不了解它究竟是什么？”
墨菲斯嘴角带上了一丝笑意，继续讲述到：“你很优秀，不需要我们告知，就已经了解了一部分真相，或许有朝一日，你能靠着自己的力量发现它的真实面目——但现在的你想知道它究竟是什么吗？”
“当然。”尼奥确认地说到。
“矩阵即世界……”墨菲斯摊开双手说到：“你所拥有的、看到的、听到的、触摸到的一些，都是矩阵。但它却是虚假的，是一种掩盖真实的幻象，是囚禁我们自由意志的牢笼。”
“什么？”虽然心中早有怀疑，但等到如今墨菲斯为他开解内心的疑问，尼奥却一时之间难以接受。
“你所生活的世界不过是一场梦境， 从出生到死亡，你的一生都处于梦境当中，期间没有任何自主醒来的可能。”岳斯说到：“但是你有强烈的欲望，从这个美好而虚假的梦境中醒来的欲望，所以我们来了，来把你唤醒，见证惨淡的真实的人生。”
“我是一个植物人吗？”
因为矩阵世界一直保持着1999年的文明程度，尼奥在科技方面的认知并不能足以想象得到矩阵究竟是一种状态，反而从自己身上找寻起原因。
“我是不是出了什么意外，一直陷入昏迷状态，你们是治疗我的医生在我意识中具现的形象，你们一直在尝试着唤醒我……”